所有権移転登記とは、所有者の変更＝交代の登記です。AさんからBさんへというような変動を表す登記です。
所有者Aさんの名前が変わったり、住所が変更になったりした場合は、所有権登記名義人の変更登記といい所有権移転登記ではありません。
そして、所有権移転登記で注意が必要なのは、どのような原因で所有権が移転したのかということです。
最も一般的な原因は売買ですが、他に贈与、遺贈、相続、時効取得などがあります。これは税金に関係しますので注意が必要です。

抵当権設定登記とは、不動産を債務の担保に提供したことを表示する登記です。
例えば、Aさんが、B銀行から年3％の利息で1000万円借入をしたとしましょう。B銀行は、貸付金を確実に回収するために、担保を要求します。その代表的なものが、連帯保証人であり、抵当権です。連帯保証人は、Aさんの代わりに返済してもらうための人であり、抵当権は、Aさんの返済が不可能になったとき、競売という手続をとおして売却し、その売却代金から優先的に弁済してもらう権利です（民法第369条）。その抵当権を担保に提供した不動産に付ける登記が抵当権設定登記で、競売をするための最初の手続といえます。不動産の価値が高ければ、複数の抵当権が設定されることがあります。制限はありません。しかし、優先順位は抵当権設定の順序によりますから、後順位になれば抵当権は設定しているのに全額回収できないこともあります。

1 現金の場合
（1）売買契約
（2）代金支払
（3）所有権保存登記

2 住宅ローンの場合
（1）売買契約
（2）金融機関へ住宅ローンの申込み
（3）金融機関の融資の承認
（4）（a）所有権保存登記（b）抵当権設定登記（c）住宅ローンの融資実行

新築マンションの売買の時、現金購入の場合は、代金支払を確認し、同日か数日後に所有権保存登記を申請します。
住宅ローンで購入の場合は、住宅ローンの融資実行日に、所有権保存登記と住宅ローンの抵当権設定登記を先に申請します。
そして、登記申請の受領証を法務局から発行してもらい、その受領証を金融機関へFAXして、確認ができたら融資が実行され代金が支払われます。

新築マンションを住宅ローンで購入した場合には、（1）表示登記（2）所有権保存登記（3）抵当権設定登記の3つの登記が必要です。
（1）には土地家屋調査士の報酬と若干の謄本代（2）と（3）には、登録免許税と司法書士の報酬と若干の謄本代等が含まれます。